沉井下沉至设计标高后，应进行沉降观测，待8h内累计下沉量不大于10mm时，方可进行封底。沉井封底时影响沉井防水后果的要害，封底有拍摄封底和不排水封底。（即干封底和水下封底）两种方式。这一阶段应严格控制挖土的程序和深度，注意要均匀挖土，对于结构体大的井体，根据需要，必须安排多个作业面，同时对称均匀挖土。实际上在挖土下沉时不可能是竖直均匀下沉，每沉一次，难免有些倾斜，继续挖土时，可在井体倾斜的反方向一边增大挖土量。刃脚第平面称为踏面，其宽度视所遇土层的软硬及井壁重量、厚度等二定，一般不大于15cm。当需穿过坚硬土层或岩层时，踏面宜用钢板或角钢维护。
沉井井壁既是施工时挡土和防水的围堰，又是构造外墙，所以要求井壁有足够强度和抗渗性。在地层的侧压力和地下水的渗透压力作用下，不致损坏变形或渗漏。排水封底能节俭大批混凝土，确保封底混凝土的强度和抗渗性，并能加快工程进度，省往水下封底混凝土的养护和抽水时光，故在地址条件允许的情形下，应尽量采用排水封底。刃脚内侧的倾斜角度为45℃～60℃。一般踏面外形的稳固性好，但只实用于疏松而无障碍物的底层。刃脚上面的凹槽是在沉井封底后浇筑底板时，底板能和井壁紧密衔接，有利防水，有利于将封底地面反力更好地传递给井壁。一般凹槽高于1.0m，深度为150～300mm。
沉井小端一般都做成刀刃状的刃脚，以减少下沉阻力。刃脚应具有必定的强度，以免在下沉过程中破坏并漏水。刃脚的下端多做成有利于切入土中的情势。制作刃脚的资料，一般采用钢筋混凝土。刃脚是沉井受力集中的部分，必须有足够的强度，以免产生挠曲或损坏。排水方式依据水量大小，土质情形，装备条件而定。水量不大，土质较好，一般采取简易排水法或吊桶排水；水量较大，土质较差，应采用水泵抽水。沉井是靠自重下沉，要求井壁尽可能增添重量，并减少井壁和土层之间的摩擦力。砖、料石井壁的抗拉强度小，接缝多，整体性差，透水才能强；混凝土井壁整体性好，防水才能强，但抗拉强度低，下沉过程中轻易开裂渗水。
根据不同土质情况，采用不同的挖土顺序，分层开挖，使挖土对称均匀，刃脚均匀受力，沉井均匀、竖直平稳下沉。下沉通过粘土胶结层或沉井自身重力偏轻下沉困难时，可采用井外高压射水、降低井内水位等方法下沉。在结构受力容许的条件下，亦可采用压重或接高沉井下沉。沉井挖土必须事先制定好挖土计划、合理配备施工人员和机械设备。沉井开始下沉阶段，井体入土的深度不大，井体下沉时所受的土方阻力较小，并且此时由于沉井大部分还在地面以上，侧向土体的约束作用很小，稳定性较差，所以沉井容易产生偏移和倾斜。