清洗消毒前，清洗消毒人员要着的洁净工作服、鞋、橡胶手套等，并备有照明用具和清洗工具进入水箱，消毒操作时还应戴防护眼镜和口罩。使用的清洗消毒工具要，使用前经消毒清洁，不得对水箱造成污染。清洗消毒时，要先关闭进水阀门等阀门，将水箱中的水通过排水管排净。清洗消毒人员遵循先池顶后底，由里向外的原则，对水箱进行清刷除垢。
清洗负责人招集清洗人员及检修人员讲解清洗程序、安全措施、技术要求以及安全注意事项。把燃着的蜡烛放入池底，如不熄灭说明水池内不缺氧。安装36V行灯供水池、水箱内照明用。清洗和检修人员进入池内工作。清洗人员刷洗六面体水池（箱）横、竖各三遍，检修人员对水池（箱）的管道及浮球、水位控制器进行维修。清洗完毕后排尽水池（箱）中的污水，再向水池（箱）内洒漂白精消毒。半小时后，再次进入水池（箱）内冲洗，消毒三次后，清除池底污泥，用潜水泵抽出池中的积水。在清洗水池的同时，另派人检修、清理紧固阀门，清洗过滤网以及检查电气控制线路。检查各种设施正常后，注水入池，取水样到市卫生防疫检测站化验取证。
水池清洗的清洗过程：1、安排的清洁公司清洗人员6人。2、清除池底淤泥、杂物。3、排干污水。4、加进清水20－30公分。5、用高压水冲洗整个水池的池壁。6、再次将冲洗的淤泥、脏水彻底清除干净。7、放进清水，再度清洗池壁、底（多次）排干。8、稍干后用1：20的二氧化氯消毒并保持30分钟。9、放进清水并加消毒剂。以上就是清洗步骤。
清洗前准备工作：准备清洗水箱所需物品：食品级消毒液、水桶、刷子、雨鞋、水带、水质检测仪装备等。利用水泵、水带将水箱内的水抽送到排水沟，放空水箱里的水以便清理。清洗前，对水池内、外壁、浮球阀、扶梯等部位进行检查，若有损坏，及时维修或更换。工作人员先用高压水枪冲刷水箱污垢，接着洗刷水箱内壁，水箱内部布满了错综复杂的支撑杆，工作人员清洗时得弯着腰，用清洁球和刷子，在支撑杆下来回移动清洗，不落下任何一处死角。