洁净厂房施工设计应使文件管理系统成为质量的保证体系的重要组成部份，为施工安装的运作提供文字依据，为责任和奖惩提供明确依据，为质量改进提供原始依据。
施工安装工程中应有设备开箱检查记录、土建隐蔽工程记录、管线隐蔽工程系统封闭记录、管道压力试验记录、管道系统清洗（脱脂）记录、风道清洗记录、风道漏风检查记录、设备单机试运转记录、系统联合试运转记录等。
洁净厂家施工安全的保证措施
（1） 认真做好安全技术工作的书面交底，并认真做好记录,加强防范意识。
（2） 应制定用电安全规程。
（3） 加强施工现场的防火工作，要严格执行防火安全规定，施工队伍进入现场建立防火组织，责任到人。
（4） 避免现场动用非生产性的明火。如因生产需要动用明火，用火操作中引起火花的应有控制措施，用火结束后应有检查措施。
（5）施工单位应细化并遵守有关施工安全、劳动保护、防火和防毒的法律法规，配备必要的设备、器具和标识，特别是禁烟、禁火的标志。
洁净室（区）内的温度、相对湿度测定结果，应符合下列要求：
（1）洁净室（区）内的温度、相对湿度的实测结果，应满足设计要求；
（2）按规定的检测点的实测结果的平均值，偏差值应为90%以上测点在的设计要求的精度范围内。
洁净室（区）与相邻房间和室外的静压差测试结果，应符合设计要求。
洁净室内的气流流型的测试，确认单向流、非单向流、混合流流型，符合设计和性能技术要求。