侧入式搅拌器是将搅拌装置安装在设备筒体的侧壁上，搅拌器通常采用轴流型，以推进式搅拌器为多，在消耗同等功率情况下，能获得较好的搅拌效果，功率消耗仅为顶搅拌的1/3～2/3，成本仅为顶搅拌的1/4～1/3，转速可在200～750r/min。
侧入式搅拌器采用三叶螺旋桨推进型搅拌机，由于螺旋桨叶片的推动，使浆体产生三个基本流，即轴向流、旋转流、湍流。把这三种流动分解为轴向部分（轴向流）和非轴向部分（旋转或螺旋流）。由于螺旋叶片产生的扭矩形成的旋转流，从而形成对混合有用的螺旋形流动，它会产生更大的流动量。由于浆流的螺旋作用，螺旋形高速流使低速流动区域的浆体被携带进入高速浆流区，从而起到对混合有利的均质作用。同时，由于侧入式搅拌器除有轴向流以外，还有法向推力形成的非轴向流，因而造成浆体的上下翻腾，以防止煤浆沉淀。
侧入式搅拌器还广泛用于脱硫、除硝以及各种大型贮罐或贮槽的搅拌。特别是在大型贮槽或贮罐中利用一台或多台侧入式搅拌机一起工作，在消耗低能耗的情况下便可以获得良好的搅拌效果，是一种不错的选择。
气发酵：搅拌发酵原料与沼气微生物，使之充分混合，均匀接触使得微生物可以食料充足，保证正常发酵，提高产气率。防止原料分成及洁壳，沉淀。
烟气脱硫：在脱硫中主要使用在浆液罐和吸收塔等大型容器中使用于塔内浆液的搅拌，防止悬浮液沉淀，同时将鼓入的氧化气体和桨叶充分混合。
其他：大型储罐，制浆造纸，润滑油储罐，食用油储罐，等。
侧搅拌装置主要运用在脱硫塔、发酵罐等大型的反应罐内，采用顶入式搅拌悬臂长，结构不稳定，且资金投入量大，侧入式结构的搅拌装置是一个很好的选择。目前的侧入式搅拌机主要是采用螺栓连接固定机架和安装底座，搅拌装置安装完毕后搅拌器就以一个方向进行转动，即搅拌器在罐内旋转所产生的推进流体方向是固定不可改动的。在侧入搅拌头数量少的情况下容易在罐体内部造成一些搅拌死区，使搅拌效果不均匀或者局部沉淀物无法完全的悬浮，如果需要增加搅拌效果减少搅拌死区，就需要增设多台侧搅拌设备来达到效果，从而投入成本增加，造成一定资源浪费。