清洗消毒时，要先关闭进水阀门等阀门，将水箱中的水通过排水管排净。清洗消毒人员遵循先池顶后底，由里向外的原则，对水箱进行清刷除垢。洗刷和检查完毕，开排水阀或启动潜水泵，排尽污水并用清水冲清，关闭排水阀或潜水泵。用已配成消毒液对内壁自上而下，由里向外，均匀地喷涂箱(池)壁表面，可涂刷至入孔口，退出箱(池)，盖上孔盖。
水箱清洗时间问题。小区用水体量未知，两个连通水箱体积未知，清洗周期长度，甚至水箱材质和内部是否拉筋固定情况、人员工具清洗程度都有影响，所以说不好。两个水箱是可以通过阀门调节从而实现不间断供水的清理水箱的。或者管路留有旁通的话，起码区的水（一般1-6层）是可以保证的。人员如果想验证的话通过水箱顶板人孔查看，或者排污口。
不锈钢水箱一般每年需要清洗、保养两次，以保持水箱内的清洁，保护水箱；水箱清洗保养前关闭进水阀，打开排污孔堵头(或阀门)，使水箱中的余水排尽；用干净拖把或抹布对水箱周边和底部进行清洗，底部积垢严重的，可用软毛巾加清洁剂擦洗；较长时间使用水箱必须清洗污浊，打开进水阀门，放入适量清水冲洗箱壁及底部，使污垢从排污口排净。
一般二次供水水箱底部积垢为严重部位，周边在二次供水水箱内部的加强筋部分（拉筋）积垢较为严重，一般采用加压反冲洗可清洗干净。必要时，可以对水箱内部进行多次冲洗直到满意清洗干净为止。必要时，可以通过水箱消毒剂对水箱内部进行消毒清洗。清洗完后，打开进水阀门注入50~100mm水位，再次将水箱底部进行一次排污处理。排完后，再关闭排污阀、打开进水阀对二次供水水箱注水正常使用。到此清洗工作结束。