lncRNA测序
长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)一般是指长度大于200 nt的RNA,位于细胞核内或胞浆中,不参与蛋白质编码功能,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。分子生物学检测分子生物学作为现代生物技术中zui为先进的实验手段之一,已经广泛渗透到生命科学的各个领域,在基础研究、医l疗诊断等领域均起到了非常重要的作用。
长链非编码RNA测序(long non-coding RNA sequencing,lncRNA-Seq)是一种使用特定方法降低样本中rRNA 的丰度,对富集到的 RNA进行文库构建,再对高通量测序仪产出的数据进行信息分析的研究方法。lncRNA-Seq可一次性获得样本中全部的lncRNAs信息,对lncRNAs的类别、功能进行的深入分析,从而快速准确地获得与特定生物学过程(例如发育、疾病等)相关 lncRNA信息。源井生物提供的腺相关病毒颗粒经过超su离心纯化,并通过qPCR对病毒基因拷贝进行滴定。
凝胶阻滞迁移电泳检测服务(EMSA)
凝胶迁移或电泳迁移率实验(electrophoretic mobility shift assay,EMSA)是一种研究DNA/RNA结合蛋白和其相关的DNA/RNA结合序列相互作用的技术,可用于定性和定量分析。依据实验需要,设计标记探针、非标记探针、蛋白特异性抗ti等参照物,基于DNA-蛋白质或RNA-蛋白质复合体在聚bing烯酰胺凝胶电泳(PAGE)中有不同迁移率的原理,当转录因子与特异的DNA或RNA结合后,其在PAGE中的迁移率将小于未结合核蛋白转录因子的DNA,从而检测到活化的与DNA或RNA结合的蛋白转录或调节因子。(一)水溶液提取法稀盐和缓冲系统的水溶液对蛋白质稳定性好、溶解度大、是提取蛋白质常用的溶剂,通常用量是原材料体积的1-5倍,提取时需要均匀的搅拌,以利于蛋白质的溶解。二、使用说明
1、装载探针
对于刺激时间较短(通常为2小时以内)的细胞,先装载探针,后用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞。对于细胞刺激
时间较长(通常为6小时以上)的细胞,先用活性氧阳性对照及自己感兴趣的刺激细胞,后装载探针。
原位装载探针:本方法仅适用于贴壁培养细胞。按照1:1000用无培养液稀释DCFH-DA,使终浓度为10微摩尔/升。去除细胞培养液,加入适当体积稀释好的DCFH-DA。加入的体积以能充分盖住细胞为宜,通常对于六孔板的一个孔加入稀释好的DCFH-DA的体积为1毫升。37℃细胞培养箱内孵育20分钟。二、大肠菌群检验方法:由于大肠菌群指的是具有某些特性的一组与粪便污染有关的细菌,即:需氧及兼性厌氧、在37°C能分解乳糖产酸产气的革兰氏阴性无芽胞。用无细胞培养液洗涤细胞三次,以充分去除未进入细胞内的DCFH-DA。
7.如何检测引物的纯度?
答:实验室方便的作法是用PAGE方法。使用加有7M尿素的16%的聚酰胺凝胶进行电泳。取0.2-0.5OD的引物,用尿素饱和液溶解或引物溶液中加入尿素干粉直到饱和,上样前加热变性(95℃,2mins)。加入尿素的目的一是变性,二是增加样品比重,容易加样。600V电压进行电泳,一定时间后(约2-3小时),剥胶,用荧光TLC板在紫外灯下检测带型,在主带之下没有杂带,说明纯度是好的。腺病毒是一种无包膜的球型结构的病毒,遗传物质为线型双股DNA形式。如果条件许可,也可以用EB 染色或银染方式染色。
而有的厂家提供Maldi-TOF质谱QC质量控制,从而保障了合成的准确率:
Bioneer使用多重Maldi-TOF质谱仪进行全自动装载及监测。 每份样品的质谱分析数据将自动插入到寡核苷酸的信息单中。Bioneer是世界上仅有的几个对生产的每份核苷酸 (单个寡核苷酸和高通量和成) 都用MALDI-TOF质谱仪检测进行核苷酸QC检测的厂商,而且免费提供质谱数据。过程是将DNA样品先经盐酸或氢l氟酸水解成碱基,水解产物通过色谱柱,结果与标准品比较,用紫外光测定吸收峰值及其量,计算5mC/(5mC+5C)的积分面积就得到基因组整体的甲l基化水平。
8.如何计算引物的浓度?
答:引物保存在高浓度的状况下比较稳定。引物一般配制成10-50pmol/ul。 一般情况下,建议将引物的浓度配制成50pmol/ul,加水的体积(微升)按下列方式计算:V (微升)= OD数*(乘)33 *(乘)*(乘)20000 / (除) 引物的分子量。引物的分子量可以从合成报告单上获得。STR是以核心序列(corerepeatunits)首尾相连多次重复形成。如果需要配制成其他浓度,按上述公式换算。
注意:1 OD260= 33 ug/ml.